Der Bundeszentralverband arbeitet mit allen Bezirksverbänden des Christlichen Diakonischen Hilfswerkes Stephanus und deren Mitgliedern eng und vertrauensvoll zusammen. Sie unterrichten sich jeweils rechtzeitig und angemessen über wichtige Angelegenheiten. Jeder Verband respektiert die Rechte des anderen und leistet dem anderen die notwendige Hilfe. Dem Bundeszentralverband obliegt es, die Tätigkeiten und die Zusammenarbeit der Gliederungen des Hilfswerkes durch zentrale Maßnahmen und einheitliche Regelung zu fördern. Er sorgt für die Einhaltung der Beschlüsse und die notwendige Einigkeit im Hilfswerk und setzt verbandsorientierte Ziele.

Zur Vereinfachung der Arbeit vor Ort, vor allem für schnellere Entscheidungen und gezielte Arbeit mit den Spendern im eigenen Bezirk, wurden Anfang des Jahres 2002 drei Bezirksverbände ins Leben gerufen. Im Januar 2005 kam noch ein Bezirksverband in Trossingen dazu. Diese sollen die Interessen des Bundeszentralverbandes in Speyer vertreten, sind jedoch als eigenständige Vereine zu betrachten. Sie führen ihre Arbeit unter eigener Regie und arbeiten unmittelbar mit ihren Spendern zusammen.